El creciente protagonismo y presencia de los alimentos funcionales en el mercado ha motivado la realización de estudios acerca de los beneficios y verdades de estos productos. Asociaciones de consumidores e instituciones de nutrición mantienen una actitud crítica respecto a las alegaciones publicitarias de estos alimentos, así como a su etiquetado, a menudo ambiguo.

Aunque muy a menudo el consumidor no entienda el significado exacto de términos como omega-3, bifidus activo o L casei inmunitas, cada vez más, el carro de la compra se llena de productos en cuya publicidad aparece algún tipo de alegación científica. Una de las consecuencias más visibles de los alimentos funcionales es el aumento del gasto que supone para sus compradores, ya que el precio de los alimentos funcionales puede llegar a suponer un incremento de un 100% respecto sus homólogos sin aditivos.

Según la Confederación Española de Asociaciones de Amas de Casa, Consumidores y Usuarios (CEACCU), el 59% de los eslóganes no se ajusta a la normativa europea ni al reglamento español de 1999 sobre etiquetado. De este modo, para el consumidor resulta muy difícil distinguir entre los productos que realmente se sustentan en una base científica de los que sólamente la utilizan como reclamo publicitario.